Juan Nepomuceno Zegrí y Moreno en 1878 bajo la inspiración de la Virgen de las Mercedes fundó en Málaga la Congregación de HH Mercedarias de la Caridad, consagrada a practicar la Caridad cristiana bajo todas sus dimensiones y facilitar los medios de los que muchas poblaciones carecían para atender a sus enfermos, cuidar a sus pobres, instruir a la juventud y dar una sólida y verdadera instrucción a la mujer.
La Congregación, queriendo ser fiel a esta misión, comienza su labor en el barrio de Zaramaga de Vitoria-Gasteiz en noviembre de 1967, atendiendo a las muchas necesidades que allí existían en aquel momento, entre ellas la educativa. Se iniciaron las clases en lonjas y en locales parroquiales, y en la medida que el número del alumnado fue aumentando se vio la necesidad de construir un colegio inserto en el barrio. De esta manera el Colegio Ntra. Sra. de las Mercedes (Mercedarias) comenzó su andadura en septiembre de 1974.